Ao longo dos últimos séculos, Descartes tem sido alvo das mais diversas críticas, principalmente vindas dos puritanos, sejam estes calvinistas ou católicos gnósticos, ou sejam os seus herdeiros históricos: os naturalistas. E a principal crítica feita a Descartes, de uns e de outros, é o dualismo do corpo/alma.

René Descartes
Os racionalistas e naturalistas criticam Descartes porque o dualismo alegadamente infringe a primeira lei da termodinâmica, ou lei da preservação de energia: se o espírito existisse independentemente do cérebro — dizem os naturalistas —, e se pode actuar sobre a matéria do cérebro a partir do “exterior” da matéria, então o primeiro axioma da termodinâmica é colocado em causa — porque a energia num universo fechado tem que permanecer constante.
O erro do naturalistas começa por considerarem o universo um sistema fechado. É sabido já, pela física quântica, que a amplitude de probabilidade da função de onda quântica de uma partícula elementar (atómica ou subatómica), ou ψ, não constitui um campo material (a função de onda quântica não é matéria!), por um lado, e por outro lado a função de onda quântica actua sobre a matéria, ao causar a probabilidade de um processo de partículas elementares.
Isto significa que processos dinâmicos idênticos resultam em estados finais diferentes — e sem que tivessem sido alteradas as condições iniciais, incluindo o suprimento de energia.
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